L'insediamento di Rakitnica viene menzionato già dal 1311, mentre oggi sono ancora visibili i resti di vecchie abitazioni e mura costruite a secco.

La chiesa di San Giovanni Battista, situata nelle immediate vicinanze dell'insediamento, è stata costruita nel 1445, quando venne fondata anche la parrocchia di Rakitnica.

Nel 1509, i nobili di Sebenico (Šibenik), proprietari di Rakitnica, avviarono assieme ai contadini la costruzione del castello di Gradina, su un crinale ripido sopra l'insediamento, per proteggersi dai turchi. Durante tutto il XVII secolo ci furono diverse aspre battaglie tra gli eserciti turco e veneziano. La pace fu raggiunta solo nel 1699, quando i turchi abbandonarono queste zone.