In questo ricco sito archeologico, risalente al periodo preromano, sono state ritrovate circa cento tombe, tra le quali alcune risalenti al IV secolo a.C. Secondo i reperti rinvenuti e in base alle annotazioni di antichi scrittori, gli esperti chiamano questo insediamento Arauzona, ovvero come l'insediamento liburnico-romano citato da Plinio.
Ai piedi del colle dove sorgeva l'insediamento di Arauzona, è ancora presente una pozza naturale, risalente al periodo romano, che i locali chiamano Ograđenica e che veniva utilizzata per l'approvvigionamento idrico della popolazione locale. Per il bestiame veniva utilizzata invece una pozza in un campo situata a nord dell'insediamento. In questa zona si svolgono le "bakanalije" estive e invernali, ovvero uno spettacolo musicale e teatrale che vale la pena vedere.
L'insediamento di Rakitnica viene menzionato già dal 1311, mentre oggi sono ancora visibili i resti di vecchie abitazioni e mura costruite a secco.
La chiesa di San Giovanni Battista, situata nelle immediate vicinanze dell'insediamento, è stata costruita nel 1445, quando venne fondata anche la parrocchia di Rakitnica.
Nel 1509, i nobili di Sebenico (Šibenik), proprietari di Rakitnica, avviarono assieme ai contadini la costruzione del castello di Gradina, su un crinale ripido sopra l'insediamento, per proteggersi dai turchi. Durante tutto il XVII secolo ci furono diverse aspre battaglie tra gli eserciti turco e veneziano. La pace fu raggiunta solo nel 1699, quando i turchi abbandonarono queste zone.
All'inizio del 2008, grazie ad alcune informazioni fornite dal signor Vladimir Roce e dal personale del Museo della città di Sebenico (Šibenik) a proposito di "alcuni strani mattoni" apparsi durante alcuni scavi per piantare olivi nei suoi campi, si è giunti ad una scoperta sensazionale. Ai piedi della vecchia città di Rakitnica, nei pressi dei Tre pozzi, sono stati rinvenuti i resti di una fornace per mattoni utilizzata per produrre componenti per le strutture dei tetti – tegole o coperture in coppi.
Le ricerche archeologiche in questo sito, guidate da Zlatko Gunjače, sono state effettuate dal 1969 al 1974 e sono state seguite da un processo di conservazione. Sono state scoperte due basiliche a navata unica, costruite in periodi diversi. Per questo motivo vengono chiamate basilicae geminatae o "chiese gemelle" – chiese doppie. Le ragioni e gli scopi di questi edifici non sono stati pienamente spiegati. Una delle tesi suggerisce che le basilicae geminatae sono congregazioni di chiese destinate al servizio di Dio e destinate al culto memoriale delle reliquie. Esistono numerosi esempi di questo tipo nelle aree della Dalmazia romana e dell'intero Mediterraneo. Venivano costruite in centri episcopali e molto spesso in aree rurali, come Srima.