Die Siedlung Rakitnica wurde im Jahr 1311 erwähnt. Heute noch sind Reste damaliger Häuser und Mauern, die als Trockenmauer gebaut wurden, zu erkennen.  

Die Ortskirche des Hl. Täufers Johannes wurde in unmittelbarer Nähe des Dorfes im Jahr 1445 gebaut, als die Pfarre Rakitnica gegründet wurde. In dieser Kirche werden zweimal jährlich Gottesdienste abgehalten, zu den Feiertagen des Hl. Täufers Johannes.

Die Eigentümer von Rakitnica, also die Adeligen von Šibenik, begannen im Jahr 1509 gemeinsam mit den Bauern mit dem Bau der Festung Gradina auf dem steilen Felsen oberhalb der Siedlung, um sich vor den Türken zu schützen. Während des gesamten 17. Jahrhunderts wurden heftige Kämpfe um Rakitica zwischen dem türkischen und dem venezianischen Heer ausgetragen. Der Frieden setzte allerdings erst 1699 ein, nachdem die Türken dieses Gebiet verlassen hatten.